Jezuici działali na Podhalu od 2 połowy XVIII wieku. Wiosną 1759 roku dotarli z misją do Zakopanego, gdzie zastali kult świętego smreka. Zakonnicy przygotowywali też Zakopiańczyków w 1846 roku do przyjęcia pierwszego proboszcza. Półtorawiekowe związki Jezuitów z Zakopanem zostały przypieczętowane w 1898 roku, kiedy proboszcz Kazimierz Kaszelewski wyraził zgodę na zbudowanie w Zakopanem domu zakonnego Towarzystwa Jezusowego. Na południowym stoku Gubałówki, na Górce nad Cichą Wodą jezuici kupili grunt. Drewnianą a później otynkowaną świątynię zaprojektował jezuita, brat Stanisław Dydek. Kościół został poświęcony 28 listopada 1908 roku i otrzymał wezwanie Najświętszej Marii Panny Nieustającej Pomocy. Elewacja frontowa kościoła, podobnie jak jego wnętrze, nawiązuje do stylu barokowego. Mieszają się z nim elementy stylu zakopiańskiego, sposobu zakopiańskiego i prowincjonalnej secesji.
